肛窦炎，因症状较轻，容易被忽视，致使部分患者患病长达20年都浑然不知。据统计，约85%的肛肠疾病是由肛门感染引起的。
肛窦炎，又称肛隐窝炎。是肛门感染的常见病症，是化脓性疾病的重要病因，常并发肛乳头炎，肛窦炎症状较轻，易被病人医生忽视。
目前所知的肛窦炎病因有六个：
1.肛窦生理构造注定易被感染损伤
肛窦窦底在下开口朝上，呈袋状，引流差，容易贮藏粪便，肛窦边缘有游离的半月形鶒(chì)的肛瓣，也容易受到干粪的擦伤。排便次数增多或患肠炎、痢疾、便秘腹泻时，因频繁刺激肛窦和肛瓣。身体和局部抵抗力下降，或有慢性疾病，粪便和异物存积肛窦，病菌繁殖，窦道受到阻塞，肛腺分泌的肛液引流不畅，肛窦即发炎肿胀。
2.肛肠疾病与肛窦的相互感染
肛裂、肛瘘和结直肠功能不良等肛肠疾病产生的分泌物、脓液会积聚在肛窦，引发肛窦炎。而肛窦炎也可以引发其他肛肠疾病，相互影响相互感染。
3.腰椎病压迫
医院医院的痔瘘科主任俞立民说到，腰椎病往往会压迫到肛窦神经，只是肛门产生坠胀等不适感，久而久之引发肛窦炎，这个原因是很多人意想不到的。
4.胚胎发育的影响
专家认为，在胚胎发育的第7周，若由于某种原因造成肛膜与后肠之间发生异常融合，不能形成正常齿状线和隐窝，造成不规则齿状线和过深隐窝，则出生后易受细菌感染和损伤而形成肛窦炎、肛周脓肿和肛瘘。临床观察证实肛周脓肿和肛瘘患者的肛隐窝常可深达3～10mm，这个病因目前已得到专家的广泛认可。
5.饮食
饮食不是最主要的致病原因，但也是其中一个因素。在中医学来说，爱吃辛辣、煎炸、生冷食物，饮食不节或暴饮暴食，容易引起湿邪等邪气下注肛门，腹泻、肠燥便秘、病虫侵入等，肛门破损、肛窦受干扰、
6.性激素的影响
性激素的水平与肛窦炎的发生密切关系。肛腺的发育与功能主要受人体性激素的调节，性激素的高低直接影响到肛腺的增生与萎缩。而性激素中以雄激素的影响最大，故男性发生肛窦炎、肛周脓肿等的几率更大。而老年男性由于激素水平明显下降，肛腺萎缩，故老年肛窦炎及肛周感染的几率很小。
人一生中，新生儿体内由母体带来的雄激素较多，故肛周感染较多，过了发育成长期后，随着雄激素水平下降，肛周感染有时可自愈。
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