从医学研究的角度来看，肛瘘是细菌侵入肛门小窝所致，但如何才能防止肛门小窝被细菌侵入，至今仍没有一个被公认的好方法，因此，从现阶段来说，还不能对肛瘘进行非常有效的预防。
当然常规的一些措施如保持大便通畅、避免便秘和腹泻、忌食辛辣刺激性食物、忌酒及保持充足的睡眠等也是有一定的预防作用的。
有肛门疾病的患者，常有对自己的疾病感到不必要的害羞的倾向，这是没有用的，尤其肛瘘若不动手术，是无法根治的，手术是肛瘘的唯一根治法。
应抛弃怕羞或怕痛的心理状态，及早找肛肠专科的医生，从原发灶之肛门小窝到瘘管，通通将之切除。
由于肛瘘的严重程度不同，病情各异，手术的方式也不尽相同。必须视肛瘘的具体情况，施以相应的手术方法。
不过，瘘管的走向还是有一定规律的，一般外口距肛门缘5cm以内的肛瘘，其内口多半在相对应的肛门里面，而稍微复杂的肛瘘，原发灶几乎在正后方，其中最常见的就是马蹄型肛瘘。
初期瘘管尚无分枝，不仅可轻易地完成手术，而且肛门的机能也能迅速恢复正常。单纯低位肛瘘，可不必住院在门诊局部麻醉下施行手术，手术时将包含肛门小窝的瘘管及瘢痕组织清除干净以避免复发，愈合时间一般要一个月左右。
若放着肛瘘置之不理，有的病灶会转到直肠周围和括约肌之间，瘘管会深且广地蔓延，这种程度的肛瘘最好能在腰麻下手术，医院能住院更好，因为手术后创面的处理也是相当重要的，这也是肛瘘复发率高的原因之一。
当瘘管贯穿肛门外括约肌的全层上方时，以切开扩创挂线法进行手术是到目前也被认为是最保险的办法，但仍然会因挂断括约肌的多少导致不同程度的肛门括约功能下降，同时需要有一定的经验和技术才行。
医院肛肠科创立的不挂线治疗高位肛瘘的方法，可以将肛门括约肌的损伤减至最低程度，甚至不损伤括约肌，可有效避免发生肛门失禁的后遗症。对于这种复杂性肛瘘，术后一般需要1个半月到2个月左右时间才可完全愈合。
另外，就是比较特殊而又常见的“马蹄型”肛瘘，这是细菌侵入肛门后方有溃疡的地方，穿过括约肌群，有时会在尾骨附近制造脓袋，积脓向左右沿着直肠呈漏斗型的肌肉，呈U字型地扩充下去，即成为马蹄型肛瘘。
这跟直肠周围脓肿一样，根治的手术非常麻烦，手术必须以原发灶为中心完全切开，当然括约肌会被切断一部分，但如果不切断上方的肛管直肠环，一般不会引起肛门失禁。.
若手术不完全、不彻底，再发的可能性就很大，不仅患者要多受痛苦，还会给再次的手术增添麻烦，这是作为一个医生所应注意避免的问题。
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